Vladyka Ján, občianskym menom Ján Holonič, sa narodil 29. januára 1937 v obci Kravany, okres Trebišov. Pravoslávnu bohosloveckú fakultu v Prešove ukončil v roku 1958 a v tom istom roku bol vysvätený na diakona a neskôr na kňaza. Pôsobil na farnostiach Rakovec nad Ondavou, neskôr Šamudovce. V roku 1983 prijal mníšsky postrih v Trojicko-Sergejevskej Lavre v Zagorsku. Za michalovského biskupa bol zvolený 22. mája 1983 a na nasledujúci deň prijal chirotóniu na biskupa. Pod jeho vedením bolo v Michalovciach zriadené cirkevné Stredné odborné učilište svätých Cyrila a Metoda v Michalovciach a v roku 2005 Materská škola sv. Rastislava v Michalovciach.
Po zosnutí arcibiskupa prešovského, metropolitu Českých krajín a Slovenska, Nikolaja mu bola dňa 5. februára 2006 udelená hodnosť arcibiskupa. Dňa 11. marca 2006 ho Eparchiálne zhromaždenie Prešovskej pravoslávnej eparchie v Prešove zvolilo za arcibiskupa prešovského a Slovenska a dňa 7. apríla 2006 bol intronizovaný do tejto služby.
Vladyka Ján je nositeľom niekoľkých domácich i zahraničných vyznamenaní. Aktívne sa zúčastňuje na ekumenickom dialógu a usiluje sa upevňovať medzikonfesionálne vzťahy.